Поньо — рыбка, живущая с сёстрами и отцом-волшебником на морском дне, — попадает в сети рыболовного траулера. На мелководье её находит Сосукэ — любознательный мальчик, чей дом стоит на крутом утёсе. Между ними возникает взаимная симпатия, которой предстоит пройти через серьёзное испытание. Приняв решение стать человеком, Поньо отдаёт свою судьбу в руки мальчика.